התמודדות משפטית מול החלטות של רשויות השלטון מחייבת את הפרט או התאגיד לבצע בחירה אסטרטגית מורכבת כבר בראשית הדרך: הגשת עתירה מנהלית או פנייה לבית המשפט הגבוה לצדק (בג"ץ). בחירה מוטעית בערכאה עשויה להוביל למחיקת ההליך על הסף, לבזבוז משאבים ולעיכוב במיצוי הזכויות. הבנת סמכויות בית המשפט והכללים הדיוניים היא תנאי הכרחי לניהול תקין של מאבק משפטי.
ההבדל היסודי בין שתי הערכאות נעוץ בראש ובראשונה בסמכות העניינית. החוק מגדיר רשימה סגורה של נושאים המצויים בסמכותו של בית המשפט לעניינים מנהליים, כגון מכרזים, רישוי עסקים ותכנון ובנייה. אלו הם תחומים שבהם המחוקק קבע מסלול בירור מוגדר. במקרים שבהם ההחלטה אינה נופלת למסלול מוגדר זה, או כאשר מדובר בסוגיות חוקתיות עקרוניות המצויות בליבת פעילות השלטון המרכזי, הסמכות נתונה לבג"ץ. בג"ץ פועל על פי עקרון הסובסידיאריות – הוא לא ידון בעתירה אם קיים מסלול מנהלי ספציפי אחר שבו ניתן לברר את הטענות.
שוני מהותי נוסף מתקיים במישור הדיוני והראייתי. בית המשפט לעניינים מנהליים ערוך לנהל הליכים הכוללים שמיעת עדים, הגשת תצהירים ובקשות ביניים מורכבות, בדומה למקובל בהליכים אזרחיים. מנגד, בג"ץ אינו מוסד שנועד לבירור עובדתי מסועף; הדיון בו מתבסס בדרך כלל על המסמכים הכתובים והחומרים שהציגה הרשות, ללא שמיעת עדים או חקירות נגדיות. הבדל זה משליך ישירות על אופן בניית התיק והכנת הראיות בכל אחת מהערכאות.
זכות הערעור מהווה שיקול אסטרטגי נוסף. החלטה שניתנה במסגרת עתירה מנהלית אינה מהווה סוף פסוק, שכן לצדדים עומדת הזכות לערער עליה בפני בית המשפט העליון. לעומת זאת, בג"ץ מהווה ערכאה ראשונה ואחרונה. החלטותיו הן סופיות ומחייבות, ולא ניתן לערער עליהן. הבדל זה מדגיש את החשיבות שבדיוק המשפטי כבר בשלב ההגשה הראשון.
בשתי הערכאות נבחנות החלטות הרשות לפי אמות מידה דומות הכוללות סבירות, מידתיות, הליך תקין וחובת הנמקה. עם זאת, בבג"ץ הדגש נוטה להיות רחב יותר, תוך בחינת סוגיות ציבוריות בעלות השלכות רוחב, בעוד בעתירה מנהלית הביקורת ממוקדת יותר בפגיעה הפרטנית או בסקטור הספציפי. בשני המקרים, חשוב לתת את הדעת על דוקטרינת השיהוי; המתנה ארוכה מדי בהגשת העתירה עלולה להוביל לדחייתה, שכן בית המשפט נדרש לאזן בין זכות הפרט לבין האינטרס הציבורי בהסתמכות על פעולות הרשות. בשל מורכבות הדין והשלכותיהן המהותיות של החלטות אלו, מומלץ לקבל ליווי מקצועי לבחינת נסיבות המקרה הספציפי. המידע כללי בלבד, אינו מהווה ייעוץ משפטי ואינו מחליף בדיקה פרטנית של נסיבות המקרה והדין העדכני.