בית המשפט העליון בשבתו כבג"ץ פרסם החלטה דרמטית לפיה הוא מורה על ביטולן של החלטות ממשלה שונות בנוגע לאיוש מועצת הרשות השנייה לטלוויזיה ולרדיו. על פי הדיווח בחדשות 13, הרכב השופטים קבע פה אחד כי יש להורות על בטלות מינוייה של ד"ר יפעת בן חי-שגב לתפקיד יושבת ראש מועצת הרשות השנייה, וכן את מינויים של עו"ד כנרת בראשי וד"ר חיים שיין לכהונה כחברי המועצה. המהלך המשפטי בא על רקע עתירות שהוגשו בעקבות תחקיר עיתונאי שחשף כי ראש הממשלה בנימין נתניהו לקח חלק בישיבת הממשלה שעסקה במינויה של בן חי-שגב, זאת בעוד היא משמשת כעדת תביעה בתיק המתנהל נגדו.
במהלך הדיונים בבית המשפט, עמד השופט אלכס שטיין על האיסור המוחלט ליצור קשר או לעסוק בענייניהם של עדי תביעה כל עוד ההליך המשפטי לא הגיע לסיומו. כפי שפורסם, בעבר אישרה היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, כי השתתפותו של נתניהו בהצבעה על המינוי עומדת בניגוד להסדר ניגוד העניינים שחל עליו. גורמים שונים בהליך המשפטי ציינו כי הטענות בדבר זיהום ההליך עלו גם בהקשר של שינוי עדותה של בן חי-שגב, אשר הוביל את הפרקליטות לבקש להכריז עליה כעדה עוינת. סוגיה מרכזית נוספת שעלתה במהלך הדיון בבג"ץ עסקה בהתנהלותו של שר התקשורת שלמה קרעי.
נציגת היועצת המשפטית לממשלה טענה כי השר פעל באופן ישיר מול חברי המועצה כדי לשכנעם להתפטר לאחר שההחלטות המקוריות הוקפאו על ידי בית המשפט. על פי הנטען, מדובר באירוע חריג שבו גורם ממשלתי מנסה לסכל החלטה שיפוטית בדרכים עקיפות. פרקליטו של ראש הממשלה, עו"ד עמית חדד, התייחס בדיון לביקורת על מהירות המינויים וטען כי ייתכן שכל ההליך היה נמנע אילו הממשלה הייתה ממתינה לחוות הדעת המשפטית כמקובל. הידיעה על ביטול המינויים מדגישה את החשיבות הרבה שרואה מערכת המשפט בהקפדה על כללי ניגוד עניינים מצד נבחרי ציבור, במיוחד כאשר הדבר נוגע להליכים פליליים תלויים ועומדים. השופטים הדגישו כי על רשויות המדינה לפעול בהתאם לכללים הקבועים, וכי החלטות ממשלתיות שמתקבלות תוך הפרה של הסדרים אלו דינן להתבטל.