במסגרת ההליכים המשפטיים המורכבים המלווים את פרשת 'קטרגייט', מתגלים סדקים בגישת רשויות האכיפה לעומת עמדת המוסד. על פי דיווח של ברוך קרא בחדשות 13, חוות דעת מקצועית שמתגבשת בימים אלו במוסד צפויה להעריך כי הנזק הביטחוני שנגרם כתוצאה מהאירועים המדוברים בפרשה הוא שולי בלבד. מסמך זה צפוי להציב קושי משפטי בפני הפרקליטות, המבקשת לבסס סעיפים ביטחוניים מחמירים בכתב האישום המתגבש נגד המעורבים, ובכללם בכיר מוסד לשעבר שנחשד בפרשה. גורמים ברשויות האכיפה הביעו חוסר שביעות רצון מהערכה זו, וציינו כי קיים חשש שהמוסד נוקט בקו הגנתי על הנורמות הארגוניות של פורשיו, במקום להגדירן כפעילות פלילית אסורה.
יחד עם זאת, ההערכות המשפטיות הן כי עבירת המגע עם סוכן זר תישאר חלק מכתב האישום שיוגש בכפוף לשימוע. במקביל למחלוקת מול המוסד, הפרקליטות מתמודדת עם פערים מהותיים בגרסאותיהם של ראש הממשלה בנימין נתניהו ויועצו הקרוב יונתן אוריך. הפערים הללו נוגעים לליבת החקירה: שאלת המעורבות הישירה של ראש הממשלה בהנחיות שניתנו לדוברים בלשכתו, וספציפית לפעולות שביצע אלי פלדשטיין. בעדותו, ביקש ראש הממשלה להרחיק את עצמו מהקשר מקצועי הדוק לפלדשטיין, תוך שהוא מתאר את העבודה עמו ככזו שאינה אישית או שוטפת.
מנגד, אוריך הציג בעדותו תמונה השונה בתכלית, לפיה קיים קו ישיר וקבוע בין הדוברים לראש הממשלה, וכי כל הודעה מחייבת את אישורו המפורש. הבדלים אלו בגרסאות הם בעלי משקל מכריע בהבנת אופי הפעילות בלשכה והאחריות המשפטית הנגזרת ממנה. חשוב לציין כי בחודשים האחרונים נקטה הפרקליטות צעדים אופרטיביים בתיקים הקשורים, לרבות הגשת כתב אישום נגד אוריך בפרשת הדלפת המסמכים המסווגים ל'בילד', וצירופו כנאשם בכתב אישום מתוקן הכולל גם את אלי פלדשטיין ואת ארי רוזנפלד. האישומים נגדם כוללים עבירות חמורות של מסירת ידיעה סודית בכוונה לפגוע בביטחון המדינה, החזקת ידיעה סודית והשמדת ראיה.
המשמעות המעשית לקוראים היא שהתפתחות זו בחוות דעתו של המוסד עלולה להוביל לשינוי באופי הדיונים המשפטיים, שכן תשתית ראייתית מוחלשת בסעיפים הביטחוניים עשויה להשפיע על חומרת האישומים הסופיים שיעמדו במבחן השימוע וההליך הפלילי.