בית המשפט העליון בשבתו כבג"ץ קיבל פה אחד את העתירות שהוגשו נגד החלטת הממשלה לסגור את תחנת הרדיו גלי צה"ל והורה על ביטולה. בפסק הדין, שכתב השופט יחיאל כשר, נקבע כי הממשלה פעלה על בסיס שיקולים זרים ופסולים, אשר חרגו מסמכותה התקינה. השופט כשר הבהיר כי החלטה לסגור כלי תקשורת בשל חוסר שביעות רצון מהתכנים המשודרים בו או בשל עמדות פוליטיות של שדרנים, מהווה פעולה בלתי דמוקרטית מיסודה. לדברי השופט, השלטון אינו מוסמך להשתמש בכוחו על מנת להשתיק גורמים המבקרים אותו. בית המשפט ציין כי אף שהממשלה רשאית עקרונית לבחון את עתיד התחנה מנימוקים ענייניים, כמו הפרדת האקטואליה למען שמירה על צבא ממלכתי, המניע במקרה הנוכחי היה פוליטי מובהק.
במסגרת נימוקי פסק הדין, הדגיש בית המשפט את הצהרותיהם של שר התקשורת שלמה קרעי ושר הביטחון ישראל כ"ץ, אשר העידו לשיטת השופטים על "נעילת דעה" מוקדמת. הובאו דוגמאות למכתבו של השר קרעי, שקרא לקדם את סגירת התחנה למימוש סדר יום פוליטי, והתבטאויותיו של השר כ"ץ אשר תיארו את התחנה כעוינת לצה"ל. בית המשפט מתח ביקורת חריפה על הרכב הוועדה המייעצת שהוקמה לצורך המהלך. נקבע כי הוועדה הורכבה מאנשים בעלי זיקה פוליטית ישירה למפלגת השלטון ודעה קדומה נגד התחנה, תוך הדרת גורמי מקצוע מצה"ל או מעולם התקשורת.
בין היתר, הוזכרה השתתפותם של שרה העצני-כהן, המזוהה עם ארגונים שקראו לסגירת התחנה, ואלעד מלכא, ששימש במשרת אמון במשרד התקשורת ונכלל ברשימת מפלגת הליכוד. שר הביטחון ישראל כ"ץ הגיב לפסק הדין ומסר כי הוא חולק על קביעת בית המשפט. לדבריו, הממשלה הייתה מוסמכת לקבל את ההחלטה, והוא הצהיר כי בכוונתם לשוב ולטפל בנושא לאחר הבחירות הבאות. מנגד, באי כוחם של ועד עובדי גלי צה"ל וארגון העיתונאים והעיתונאיות בירכו על החלטת בג"ץ, וציינו כי מדובר בתוצאה ראויה המגנה על חופש העיתונות מפני שימוש בכוח שלטוני להשתקת ביקורת.