בית המשפט העליון בשבתו כבית משפט גבוה לצדק (בג"ץ) פרסם פסק דין דרמטי שבו בוטלה החלטת הממשלה להורות על סגירתה של תחנת הרדיו הצבאית גלי צה"ל. ההכרעה, שהתקבלה פה אחד על ידי הרכב השופטים דפנה ברק-ארז, אלכס שטיין ויחיאל כשר, באה בעקבות מספר עתירות שהוגשו נגד המהלך, ביניהן של התנועה למען איכות השלטון, ארגון העיתונאים, מועצת העיתונות וועד עובדי התחנה. בפסק הדין, שחובר על ידי השופט יחיאל כשר וזכה להסכמת חבריו להרכב, נקבע באופן חד-משמעי כי החלטת הממשלה יסודה בשיקול זר ופסול.
על פי קביעת בית המשפט, המניע המרכזי לסגירת התחנה לא היה מנהלי או תקציבי אלא חוסר שביעות רצון של מקבלי ההחלטות מהתכנים המשודרים בתחנה, אשר נתפסו בעיניהם כמנוגדים לעמדותיהם. בית המשפט ציין כי הממשלה לא פעלה להפריך טענות אלו במהלך ההליך המשפטי. השופט כשר הדגיש בפסק דינו כי לא ניתן לקבל מצב שבו בעל סמכות שלטונית יחליט על השתקת שדרן רק מפני שדבריו אינם נעימים לו. לדבריו, שלטון הפועל בצורה כזו פועל באופן בלתי-דמוקרטי בעליל, שכן יסוד בדמוקרטיה הוא האיסור על השלטון להשתמש בכוחו כדי להשתיק ביקורת או דעות שאינן לרוחו.
השופט אלכס שטיין הוסיף כי בהיותה של התחנה גורם משמעותי בשוק התקשורת, נדרשת הממשלה לפעול ללא פגמים וללא שיקולים זרים בעניינה. יש לציין כי במסגרת ההליכים המשפטיים, היועצת המשפטית לממשלה, גלי בהרב-מיארה, מתחה ביקורת חריפה על החלטת הממשלה, וטענה כי מדובר בצעד לא חוקי שנועד להשתיק כלי תקשורת מרכזי. על פי עמדתה, ההחלטה התקבלה בחיפזון ובמטרה לסמן מטרה מראש, ללא בחינת חלופות סדורות, דבר המייצר לטענתה אפקט צינון כלפי כלי תקשורת חופשיים. מנגד, שר הביטחון ישראל כ"ץ הביע התנגדות נחרצת לפסיקה.
השר טען כי בית המשפט שם את שיקול דעתו מעל זה של נבחרי הציבור, וציין כי הממשלה סבורה שאין מקום לתחנת רדיו בעלת תכנים פוליטיים בתוך צה"ל. השר הבהיר כי בכוונתם לפעול לקידום הנושא לאחר שיינתן להם אמון הציבור מחדש בבחירות. פסיקה זו מגיעה לאחר שבינואר האחרון כבר הוציא בית המשפט צו ביניים שהקפיא את החלטת הממשלה למנוע פעולות בלתי הפיכות עד למתן פסק הדין הסופי. המשמעות המעשית של פסק הדין היא כי עבודת התחנה נמשכת כסדרה וסמכות הממשלה להביא לסגירתה בדרך שבה פעלה הוגבלה משפטית, תוך הצבת גבולות ברורים לשימוש בכוח שלטוני מול כלי תקשורת.