בית המשפט העליון פרסם החלטה דרמטית, במסגרתה הורה פה אחד על ביטול התיקון לחוק שנועד להקפיא מעצרים, חקירות ואכיפה נגד עריקים חרדים משירות בצה"ל. ההכרעה התקבלה בהרכב מורחב של תשעה שופטים, בראשות המשנה לנשיא נעם סולברג, לאחר שנדונו חמש עתירות שונות שהוגשו נגד החוק. בחוות הדעת העיקרית קבע השופט סולברג, בגיבוי כלל חברי ההרכב, כי החוק סובל מפגם יסודי בהליך חקיקתו. לדברי בית המשפט, התיקון חרג באופן מהותי מנושא הצעת החוק המקורית שעברה בקריאה ראשונה, ובכך הפר את הוראות תקנון הכנסת.
המשמעות המשפטית שקבע בית המשפט היא כי מבחינה טכנית ומהותית, מדובר בחוק שלא עבר את שלבי החקיקה הנדרשים, ועל כן דינו להתבטל. מעבר לפגם הפרוצדורלי, שמונה מתוך תשעת השופטים קבעו כי התיקון אינו חוקתי גם בתוכנו. עמדת הרוב גורסת כי החוק פוגע בצורה קשה ובלתי מידתית בליבת הזכות החוקתית לשוויון, ואינו עומד בתנאי פסקת ההגבלה הקבועים בחוקי היסוד. השופט דוד מינץ הצטרף לביטול על בסיס הפגם בהליך החקיקה, אך נמנע מלהצטרף לקביעה החוקתית לגופו של עניין. החלטה זו מגיעה כשיא של הליך משפטי ממושך, שכלל מתן צו ארעי לפני כחודש על ידי השופט עופר גרוסקופף, שהורה על הקפאת כניסת החוק לתוקף בשל "סוגיות משפטיות מורכבות".
העתירות נגד החוק, שקודמו על ידי אישי ציבור ובהם ראש האופוזיציה יאיר לפיד וחבר הכנסת אביגדור ליברמן, העלו טענות קשות בנוגע למתן חסינות פלילית לקבוצות אוכלוסייה מסוימות, תוך טענה לפגיעה בשלטון החוק ובעיקרון השוויון בנטל, בעיקר בעתות מלחמה. מנגד, החוק עורר סערה פוליטית רבה בעת העברתו בכנסת, כאשר חברי כנסת מהקואליציה הביעו תמיכה בו, בעוד שהאופוזיציה וגורמים נוספים מחו נגדו בחריפות. בעקבות פסיקת בג"ץ, הצו המורה על ביטול החוק הפך למוחלט.