בצעד נוסף המדגיש את המחלוקת המשפטית והפוליטית סביב איוש משרת מבקר המדינה, הגישה הבוקר היועצת המשפטית לכנסת, עו"ד שגית אפיק, תגובה רשמית לבית המשפט העליון. במסגרת העתירה העוסקת בכינוס המליאה לצורך קיום בחירות חוזרות לתפקיד, חזרה עו"ד אפיק על עמדתה המשפטית העקבית, לפיה על הכנסת לפעול ללא דיחוי לקיום פסק דינו של בג"ץ, שקבע כי ההצבעה הקודמת לתפקיד אינה תקפה. עמדתה של אפיק מתפרסמת על רקע חילוקי דעות משמעותיים בין הדרג המקצועי לבין הדרג הפוליטי בהנהגת הכנסת. כפי שפורסם בחדשות 13, יושב ראש הכנסת, ח"כ אמיר אוחנה, הביע התנגדות לעמדתה של היועצת המשפטית וביקש ייצוג משפטי פרטי בתיק, זאת נוכח הפערים בתפיסה המשפטית בדבר החובה לציית להוראת בית המשפט.
בתגובתה המפורטת לבית המשפט, ביקשה עו"ד אפיק להצביע על האתגרים המעשיים שנוצרו עקב חלוף הזמן מאז מתן הפסיקה המקורית. בין היתר, ציינה היועצת כי יש לשקול שיקולים הנובעים מהפגרה הפרלמנטרית, הסמיכות לתקופת בחירות, ושינויים שחלו בהרכב המליאה מאז ההצבעה שנפסלה. שינויים אלו כוללים התפלגות סיעות, התפטרות של חברי כנסת וכניסת חברים חדשים שלא השתתפו בהליך ההצבעה המקורי. נזכיר כי פסק הדין המדובר, שניתן פה אחד על ידי חמישה שופטי בג"ץ בראשות הנשיא יצחק עמית, הורה על עריכת הצבעה חוזרת לאחר שנמצאו פגמים בהליך הקודם.
השופט נעם סולברג מתח ביקורת על הנחייתו של יו"ר הכנסת שאפשרה לחברי הכנסת לתעד את הצבעתם, וציין כי הדבר עלול להפוך את הוראות חוק היסוד לאות מתה. במקביל, דווח בחדשות 13 כי גורמים פוליטיים בכירים, ביניהם שר המשפטים יריב לוין ויו"ר הקואליציה אופיר כץ, הביעו עמדות הסתייגות מקיום הפסיקה בפורומים פנימיים. מדובר בפרשה בעלת השלכות על יחסי הרשויות בישראל, שכן היא מעלה שאלות יסוד בנוגע למחויבותן של רשויות המדינה לפסיקות בית המשפט, גם כאשר הן נוגעות בניהול הליכים פנימיים בתוך בית המחוקקים. הדיון המשפטי צפוי להימשך בבית המשפט העליון, שיצטרך להכריע בדבר אופן יישום הפסיקה תחת הנסיבות הפוליטיות החדשות.