פרסום מסמכי העתירה המנהלית של סגן-אלוף אריה עמידרור, ששימש כקמ"ן אוגדת עזה ב-7 באוקטובר, חושף את הטענות שהעלה הקצין במסגרת מאבקו המשפטי להמשך שירותו הצבאי. העתירה הוגשה בעקבות החלטת הצבא להתיר את התחייבותו לשירות קבע, הליך שהסתיים בדחיית בקשותיו על ידי בית המשפט. בבסיס טיעוניו, טען עמידרור כי הדחתו מצה"ל נעשתה באופן "שרירותי, מפלה ובררנית", והוסיף כי הוא הקצין היחיד המשלם מחיר אישי וכלכלי כבד בגין מחדלי המערכת. עורכי דינו של עמידרור טענו בדיון כי הקצין חש שמתנהל נגדו "סיכול ממוקד", זאת בין היתר עקב מניעת גישה מצד הפרקליטות לתחקירים פנימיים ששימשו בסיס לחוות דעתו של סגן הרמטכ"ל, אלוף תמיר ידעי.
עמידרור הדגיש בטיעוניו כי עוד בטרם הטבח, הוא פעל לערעור מוסכמות והנחה את הנגדת ו' לבצע תרגילים להבנת יכולות האויב. מנגד, בתגובתה הרשמית לעתירה, הבהירה המדינה כי ההליך המנהלי נוהל כדין. על פי עמדת המדינה, חוות דעתו של סגן הרמטכ"ל התבססה על תחקירים מעמיקים המצביעים על שגיאות מקצועיות משמעותיות, הן בליל 7 באוקטובר והן בחודשים שקדמו לו. צוין כי התנהלותו של עמידרור חרגה מהציפיות מקצין מודיעין הנדרש לאתגר תפיסות קיימות. עוד נטען בתגובת המדינה כי הדרישה להעביר את ההחלטה לידי גורם חיצוני משוללת בסיס נורמטיבי בפקודות הצבא, וכי סמכות הצבא להחליט על איוש שורותיו מצויה בליבת אחריותו הפיקודית.
עורך הדין שייצג את עמידרור תהה על אופן בחירת הקצינים המודחים, בטענה כי מפקדים מקבילים לא נשאו בתוצאות דומות. הפרקליטות השיבה כי ההליכים נגד העותר התנהלו במסגרת סדורה וכי אין מדובר בהליך פלילי אלא מנהלי, שבו לא כל התחקירים הצבאיים חשופים לעיון העותר. בית המשפט דחה בסופו של דבר את העתירה ואפשר את המשך ההליכים כפי שנקבעו על ידי המערכת הצבאית.