במסגרת הליך משפטי המתנהל בבית המשפט העליון, שבה והבהירה היועצת המשפטית לכנסת, עו"ד שגית אפיק, כי עמדתה המקצועית נותרה בעינה: על הכנסת לפעול בהתאם לפסק דין שניתן בעניין בחירת מבקר המדינה. כפי שעולה מדיווח חדשות 13, עו"ד אפיק הגישה תגובה רשמית לבג"ץ, ובה הדגישה את הצורך בקביעת מועד לקיום הצבעה חוזרת בהקדם האפשרי. פסק הדין המדובר, שניתן פה אחד על ידי הרכב של חמישה שופטים בראשות הנשיא יצחק עמית, קבע כי הליך הבחירה הקודם לתפקיד מבקר המדינה אינו תקף. השופטים אף מתחו ביקורת על הוראות קודמות שניתנו לחברי הכנסת בנוגע לתיעוד הצבעתם, וציינו כי הדבר עלול לרוקן מתוכן את הוראות חוק היסוד.
בתגובתה לערכאה השיפוטית, ציינה עו"ד אפיק כי חלו שינויים מהותיים בהרכב הבית מאז מתן הפסיקה המקורית, לרבות התפלגות סיעות ושינויי חקיקה כתוצאה מהתפטרות חברי כנסת וכניסת אחרים תחתם. לצד זאת, העלתה היועצת המשפטית שיקולים רלוונטיים הנוגעים לעבודת הכנסת בפגרה וסמיכות לאירועים פוליטיים אחרים, אולם עמדתה המהותית נותרה קריאה לקיום ההצבעה החוזרת כמתחייב. הפרשה קיבלה תפנית חריגה כאשר יו"ר הכנסת, ח"כ אמיר אוחנה, ביקש ייצוג משפטי פרטי בדיון. זאת בשל פערים עמוקים בגישה המשפטית בינו לבין היועצת המשפטית לכנסת.
כפי שפורסם בחדשות 13, יושב ראש הכנסת, לצד שר המשפטים יריב לוין ויו"ר הקואליציה אופיר כץ, הביעו בהתייעצויות סגורות התנגדות לקיום הבחירות מחדש. המשמעות המעשית עבור מוסד הכנסת והדרג המדיני היא מורכבת: מחד, קיימת דרישה משפטית ברורה של הערכאה השיפוטית העליונה לבצע את ההליך בשנית, ומאידך, קיימת מתיחות גלויה בין הייעוץ המשפטי המלווה את הבית לבין הדרג הפוליטי הנבחר. חוסר ההסכמה בנוגע לאופן הייצוג בבג"ץ והקריאות מצד גורמים פוליטיים שלא לציית לפסיקה, מציבים סימני שאלה בנוגע לאופן שבו תמומש הוראת בית המשפט בפועל, ומדגישים את המתח בין רשויות השלטון סביב נוהלי הבחירה של תפקידי מפתח בשירות המדינה.