נשיא המדינה יצחק הרצוג הודיע בערב יום הכיפורים כי החליט להיעתר לבקשתו של שר הביטחון, ישראל כ"ץ, ולמחוק את יתרת הרישום הפלילי של אלאור אזריה. אזריה הורשע בעבר בבית הדין הצבאי בעבירת הריגה לאחר שירה במחבל מנוטרל בתל רומיידה שבחברון בשנת 2016. הנשיא הסביר את החלטתו בכך שחלפה תקופה ארוכה מאז האירוע, אזריה נשא בעונשו, הביע צער, וכי קיימות נסיבות אישיות ורפואיות מורכבות של משפחתו. בדבריו הדגיש הנשיא כי מוסד החנינה הוא כלי של חסד ואינו מהווה ערכאת ערעור על פסק הדין המקורי, תוך הבהרה כי אין בהחלטה כדי לערער על תקינות ההליך המשפטי הצבאי או על ערכי טוהר הנשק.
שר הביטחון כ"ץ, שהוביל את היוזמה, בירך על המהלך וטען כי מדובר בהחלטה אנושית המאפשרת לאזריה להשתקם ולפתוח דף חדש. לדברי כ"ץ, מדובר בלוחם מצטיין ששילם מחיר כבד, ומתן החנינה מעביר מסר של תמיכה בלוחמי צה"ל. עם זאת, המהלך עורר ביקורת מצד הדרג הצבאי הבכיר. הרמטכ"ל, רב-אלוף אייל זמיר, וראש אכ"א, אלוף דדו בר כליפא, התנגדו לבקשה. בעמדתם, שהועברה לשר הביטחון, צוין כי מתן חנינה הוא צעד חריג השמור לנסיבות כבדות משקל בלבד. גורמי צה"ל הדגישו כי הבקשה נבחנה על ידי הפרקליטות הצבאית, אכ"א והרמטכ"ל, ומסקנתם הייתה כי אין בנסיבות העניין כדי להצדיק את מחיקת הרישום.
בצה"ל אף ציינו כי לא נמצאו נסיבות חדשות או אישיות המצדיקות שינוי מהחלטות קודמות, וטענו כי המבקש נמנע מהבעת חרטה. פרשת אלאור אזריה החלה במרץ 2016 ועמדה בלב שיח ציבורי סוער בישראל. אזריה הורשע ב-2017 ונידון ל-18 חודשי מאסר, עונש שקוצר מאוחר יותר על ידי הרמטכ"ל דאז, גדי איזנקוט. הוא שוחרר מהכלא במאי 2018 לאחר ריצוי שני שלישים מתקופת המאסר המקוצרת. החלטת הנשיא הרצוג מהווה את השלב האחרון בפרשה ממושכת זו, תוך שהיא משקפת את המתח שבין ערכי השיקום לבין עקרונות המשפט הצבאי.