במסגרת הליך משפטי המתנהל בבית המשפט העליון, הגיש שר החינוך, יואב קיש, את עמדתו הרשמית בתגובה לעתירת ארגון 'חדו"ש - לחופש דת ושוויון'. העתירה, שבעקבותיה הוצא צו על תנאי, עוסקת בסוגיית לימודי הליבה ברשתות החינוך המזוהות עם המפלגות החרדיות, יהדות התורה וש"ס, והמשך תקצובן על ידי המדינה. בכתב התשובה, דחה שר החינוך את הטענות המופנות כלפי רשתות החינוך החרדיות וטען כי אין בעיה מהותית בנושא לימודי הליבה במוסדות אלו. השר אף ביקש מהרכב השופטים להורות על ביטול הצו על תנאי ועל דחיית העתירה כולה.
לדברי השר, הנתונים המצויים בידי משרד החינוך מעידים כי רוב מוסדות החינוך המדוברים מלמדים את מרבית מקצועות הליבה, וכי ניכר שיפור במצב לאורך השנים האחרונות. בתוך כך, התייחס שר החינוך לנתון העולה מהדיונים, לפיו רק שמונה אחוזים מהמורים ברשתות אלו מחזיקים בהכשרה פורמלית ללמד לימודי ליבה. השר הדגיש כי בעיניו אין הצדקה להסיק מסקנות שליליות על היקף הלימודים על בסיס נתוני הכשרת המורים. נוסף על כך, ביקר שר החינוך את התנהלות היועצת המשפטית לממשלה בפרשה זו, וטען כי המידע שהועבר לבית המשפט נוגע לסוגיה פוליטית שאין מקום לעסוק בה בתקופת בחירות.
מנגד, עו"ד ד"ר יפעת סולל, סמנכ"לית ארגון חדו"ש, תקפה בחריפות את עמדת המשרד. לטענתה, מדובר במציאות שבה כספי ציבור משמשים למימון כוח אדם שאינו מחזיק בהשכלה רלוונטית למקצועות הליבה. היא הוסיפה כי המצב המתואר מהווה פגיעה ארוכת שנים בילדים המערכת, וטענה כי יש לפעול להפסקת התקצוב באופן מיידי. הפרשה מעוררת דיון משפטי וציבורי נרחב סביב חובת המדינה להבטיח את איכות החינוך במוסדות הנהנים מתקציב ציבורי, אל מול טענות הממשלה על התערבות פוליטית בהליכים אלו ועל חשיבות המשך התמיכה התקציבית ברשתות החינוך.